9月中旬，中共中央政治局候补委员、华中局书记、新四军政治委员刘少奇途经红庙村，对冀鲁豫边区工作作出指示。

他要求边区各级领导必须牢固树立群众观点，指出，没有群众就没有根据地，群众工作必须依靠基本群众，要巩固抗日根据地，就必须放手发动群众，开展减租减息运动。

10月20日，北方局作出《对冀鲁豫区党委、军区工作指示》。

12月，冀鲁豫边区召开高级干部会议，新任冀鲁豫区党委书记黄敬作报告。

黄敬根据北方局、刘少奇指示和深入调查研究的情况，充分肯定了过去艰苦斗争取得的主要成绩，从军事、政治和经济上辩证分析了区情，尖锐指出了边区根据地建设中存在的突出问题，要求坚决执行北方局指示，抓紧目前短促时机，进行巩固根据地的工作。

同时开展敌占区与接敌区工作，坚持长期战争方针和抗日民族统一战线坚定立场，拆散伪、顽、会、匪与敌人的联合，坚持边区斗争，保存与积蓄力量。

同时指出，巩固根据地的中心环节应转为发动群众，要采取一切有效办法加强地方武装，要健全加强军区、军分区工作。

会议对建设小部队进行了深入研究。在统一思想的基础上，会议作出了第三次精兵简政决定：

一是实行边区党的统一领导，撤销各部队中的军政委员会，由区党委、地委、县委书记兼任同级部队政治委员。

二是调整区党委、军区、行署领导班子。建立区党委常委会，黄敬任区党委书记兼宣传部部长，张霖之任副书记兼组织部部长。杨得志任军区司令员，黄敬兼任政治委员，杨勇任副司令员，苏振华任副政治委员，华卓然任参谋长。晁哲甫任行署主任，贾心斋、徐达本任副主任。

三是调整区党委所属地委，加强地委一级领导，全区整合为六个地委。

四是实行正规军地方化，取消旅的番号，统一军区建制，对各军分区进行调整。

五是彻底精兵简政，节约财政支出。

这次会议实现了边区党的指导思想的重大转变。

会后，在区党委一元化领导下，边区党政军民迅速行动，认真贯彻执行高干会议决定，使斗争形势逐步好转。

1943年，日、伪军对冀鲁豫边区抗日根据地进一步加紧“蚕食”、封锁。

在正确方针指导下，冀鲁豫军区派遣142支小部队深入敌占区和接敌区，广泛开展反“蚕食”斗争，恢复与建立游击根据地。

加强民兵建设，广泛开展群众性游击战；大力开展日、伪军工作，建立地下交通线。

7月5日，冀鲁豫军区发起朝南战役，7月30日进行卫南战役，粉碎了文大可、杜淑等大股伪军的“蚕食”进攻，解除了其对濮范观中心区的直接威胁。

7月上旬起，配合山东八路军反击国民党顽军李仙洲部入鲁取得重大胜利。

9月，日军开始实施其“武号作战”计划。在实施“武号作战”之前，在绝密状态下，日军惨无人道地在以馆陶、临清为中心的卫河两岸地区，首先实施了代号为“方面军第12军十八秋鲁西作战”的细菌战，使冀鲁豫边区和冀南抗日根据地军民造成重大伤亡和损失。

从9月21日起，日军以11000余人先后“扫荡”湖西、鲁西南抗日根据地。

10月12日，日、伪军对濮范观中心区发动空前规模的大“扫荡”，冀鲁豫边区军民积极灵活地予以反击。

同日、伪军进行大小战斗315次，攻克据点74个，攻入东平、延津2个县城，袭击了东明、考城、濮阳、平阴4个县城，毙伤日、伪军1327名，俘日、伪军2746名，取得空前战果。

11月16日，冀鲁豫军区采用第三军分区兼回民支队司令员、“后起的天才军事家”马本斋的建议，以“牛刀子钻心战术”，集中优势兵力奇袭八公桥，将孙良诚伪第二方面军总部直属队全部消灭，毙伤敌伪数百名，俘虏其参谋长甄纪印以下官兵3200余名，巩固了反“扫荡”成果，扩大了抗日根据地中心区。

至年底，又拔掉敌人大小据点100多个。

在统一党的领导、彻底精兵简政、积极开展对敌斗争的同时，1943年后，冀鲁豫边区党、政、军、民领导机关继续深入贯彻中共中央、中央军委和毛主席的重大决策，采取一系列重大措施，领导根据地军民坚持、恢复和壮大抗日根据地。

一是发动群众开展民主民生运动。

二是开展生产自救，大力恢复农业生产，加强对敌经济斗争，推进根据地经济建设。1943年秋终于战胜灾荒。

三是继续开展整风运动，加强党的思想建设。1945年6月，全区整风运动结束。

四是加强民兵建设和党对民兵的领导。

五是加强日、伪军工作。六是弘扬革命英雄主义，激励民族气节和抗日斗志。

1943年11月至1944年1月，冀鲁豫区党委再次召开高级干部会议，系统总结一年来的成绩和问题，根据中央和北方局指示，确定了1944年工作方针任务，边区进入蓬勃发展新阶段。

1943年11月，中共中央决定成立北方局冀鲁豫分局（亦称平原分局），领导冀鲁豫和冀南两个区党委，任命黄敬任书记。

1944年1月，奉中央军委命令，杨得志率军区第二团及回民支队开赴陕北。

此后，杨勇主持军区工作。经过半年的实践，为进一步加强冀鲁豫和冀南两区工作的统一和合作，由两个区党委一致建议，并经北方局批准，1944年5月11日，冀鲁豫和冀南两个区党委撤销，两区12个地委由冀鲁豫分局直接领导。

设冀鲁豫和冀南两个工作委员会，作为协助分局研究、监督、检查两地工作的专门机构。