平定伊势长岛城之后，织田军和德川军移驻观音寺城休整，分析了两处战事之后，信长坚信本愿寺显如自保有余攻伐不足，他决定乘这个机会再接再厉，剪除显如的最大筹码，拿下比？山这个佛门圣地，除了要报延历寺僧人藏匿浅井家败兵的仇，另外还有一层意思，就是听说浅井长政和前妻（六角家平井氏之女）所生有两个儿子，大的已经五六岁，小的也四岁了，好像也藏在延历寺，信长对阿市所生的三个女儿不在乎，可长政的两个儿子不行，因为他们和信长没有血缘关系，且听说大儿子天赋异禀，膂力过人，从小善使枪棒，貌似其父，信长知道了，彻夜难眠，不愿留下这个祸害，所以兵发比？山势在必行！

刚要动兵之前，家康担心东国的情况，还想请命回家，也是不愿意再看到信长杀人了，可信长在观音寺城大宴群臣，竟然说出了“今年一定要灭掉比？山满门”的话，对于家康的请求他自然不愿意，不过为了盟友的安危，他和家康同时派出了细作去探访，同意如果真有军事，就让德川军回国，没想到永禄十二年竟然是个多事之秋，东国两大雄才武田信玄和北条氏康纷纷病重，不能理事，上杉谦信终于等到了这两个一生的宿敌没落的日子，他立刻陈兵南陲，打算借机攻打，拼了病体的甲斐之虎和相模之狮自然要全力防备，兵力都抽调北上了，难得的三河和远江毫无战事，得知此消息的家康虽然不甘心，却也失去了回家的借口，于是死心塌地的待在观音寺城，准备和织田家一道，一起攻打比？山！

比？山以往的依托，除了一个伊势长岛城之外，就是山路下的志村城和几个大金主的私人震慑力，现在信长已经拔掉了长岛城，任凭你再牛的大金主信长也不买帐，所以比？山此时能够依靠的就只有志村城了，志村城守将园城寺修证不相信信长会对延历寺不敬，所以一千人马守城守了半晌之后就开城逃脱，上山避祸去了，织田信长得知后，高兴的什么一样，嘴里一直说着“这下省事了，这下省事了”，然后命令联军将比？山团团包围，四面八方的所有道路通通堵死，两家的武将不明就里，还以为信长是打算上山搜剿逃兵，这才封山，虽然心里都不愿意冒犯佛祖，可最后还是想通了，打算信长一说动手就上山，令众人没有想到的是，信长在军议上发布的命令竟然是“烧山，屠城，毁寺庙，男女老幼一个不留”！此令一出，立刻满座皆惊，人人脸上都露出惊恐之色！

比？山别称天台山，自传法大师最澄由唐朝回国后，就一直是东流天台宗山门派的总本山，信奉佛教的东流一直把这里看做宗教发源的最高峰，好似圣城耶路撒冷，罗马天主教廷那样的感觉，现在信长说烧就要烧了，众人当然胆寒。于是所有家臣，包括德川家康和孟昭德等人都纷纷劝阻，一开始就打定主意的信长当然不听，可是还要卖家康一个面子，于是信长假仁假义的张贴告示给比？山的僧众，让比？山不许提供军费并保护朝仓和浅井残军，立刻交出所有人，让织田家上山将敌人彻底斩草，从此只要不再支持反对信长的势力，那信长就撤兵，把占领的山门归还，否则将义无反顾地使比？山付之一炬！但是因为比？山僧众和朝仓家向有良好的关系，而且当初信长上洛之时以检地措施的名义削减寺社的所属领地，这些对比？山的无礼行为更是令自居护国道场的比？山僧众感到气愤，所以他们严词拒绝信长的条件！织田信长早料到他们不会答应自己，于是下定决心，第二次宣布一定要烧山毁寺，惩戒这些轻视自己的僧人。

1569年（永禄十二年）4月3日，驻军在南近江守山金之森的织田信长招开了比？山进攻方略的会议，在会议中敲定了各部队的职责和屠杀范围，担心信长这种举动将会受到天谴的夕庵入道等将，还有不希望失去学识僧这种宝贵资产的佐久间信盛等将，力言比？山上寺产珍贵的明智光秀都一一劝谏信长终止这项会引起神罚的计划，另外各地得讯的大名和豪族还有商人公卿，亲自跑来的，上书求情的，劝谏的，络绎不绝人流不息。佐久间信盛此时因为信长的命令已经吓得病倒在床，可他还是写下一封书信给信长，“延历寺自建成以来，守护天下至今已有八百余年，如果轻动刀兵，后果必定不堪设想，不仅宗教将彻底视我为仇敌，就连百姓家也会以为我们是乱臣贼子，这种前所未闻不可思议的战争，还是住手为好！”信长看罢信之后，只回给了佐久间“天下布武非天下布佛”九个字！

另外劝谏信长最狠的便是明智光秀，这位屡立奇功，出谋划策的大将自恃深受信长信赖，竟然匍匐着从营门挪到了信长居帐之内，两个膝盖都磨破了，进帐之后，磕头如捣蒜，流血不止，大声的说道，“主公不可莽撞，主公不可莽撞！”信长看他这个样子，皱了皱眉头，满不高兴的说道，“你知道信长为何要彻底剿灭比？山么？”光秀想了想，小心的答道，“属下...不知道。”信长哼了一声，接着问道，“那你又为何要阻止信长呢？”光秀叹了口气，缓缓答道，“因为比？山延历寺是最澄大师开创的八百年佛学圣地，若是我们将其付之一炬，我们就是千古的罪人了啊！”信长听罢火冒三丈，大骂了一声迂腐，狠狠的说道，“若不毁掉那里，我们如何打破现在的困境，那里收容信长的敌人，给他们粮草军饷，让他们和信长为敌，本愿寺更是将这里视为一杆大旗，用之操纵各地的一向一揆，此山不灭，我如何天下布武，再者，那些狗和尚有什么好留的，他们杀人放火，抢掠民田，光天化日饮酒淫秽，欺男霸女，藏污纳垢，你觉得，这是真的出家人该有的作为么？这所谓八百年的古刹，其实一个肮脏之地，还有留着的必要么！”

“主公...”明智光秀还要再劝，信长立刻止住，大喝道，“你别说了！你跪死在这里也没用，你就是把头磕碎了也没用，如果你们都因为这个劝谏我，担心我成为千古罪人，那么我告诉你，信长愿意做这个罪人！”说罢一脚踢翻桌子，自己怒气冲冲的走出帐去，光秀知道一切都完了，眼泪缓缓的流了下来，整个人趴在地上，呜呜的疼哭不止。

第二日，力排众议的织田信长对比？山下达了进军令，三万正规军向山上的四千青，壮，老，弱，妇，孺，发动了猛攻，其中有武器的不到一成，这已经不是战争，而是血淋淋的屠杀了，伴随着进攻信号，大军先在坂本，坚田两处放火，然后步兵开进，做好了必死准备的僧兵冲下山来，和织田德川联军战做一团，无奈素质和人数都非常悬殊，片刻就全军覆灭。攻占了山道的联军从比？山的象征，根本中堂和山王二十一社开始蹂躏，佛像，佛堂，经书，一样不留全部焚毁，一时间火光冲天，如同炼狱一般！其中最为不幸的是，一些前些日子上山礼佛，还没来得及下山的京都和近畿的百姓也遭遇了毒手，他们的家小，还有和尚私藏的女子都被联军抢夺，带走做了军妓，屠杀持续了一天一夜，遍地残骸，血流成河，到最后，就连骁勇无情的三河兵都杀不动了，可是信长的军令，联军不能不从，于是大军手拉手，站成一排，将没有被杀死的百姓硬生生的往悬崖边上挤，最后让他们从这座神山上跳了下去，塞满了整个山谷！

这一幕深深刺伤了许多尊崇佛教的家臣的心，两位杰出的人物从此对信长埋下了深深的仇恨，一位细川藤孝，一位明智光秀，可是他们无力反抗，只能看着这些毫无还手能力的无辜百姓身首异处，负责封锁比？山香芳谷通道的孟昭德痛苦万分，前日，他接到了镇守京都的羽柴秀吉的来信，信中说，“百拜昭德大人，秀吉无能，无法亲赴比？山劝说主公大人罢兵，只能托付孟昭德大人，秀吉之母自幼信佛，慈祥谦卑，秀吉恳请孟昭德大人看在母亲的面子上，能够网开一面，如果有人侥幸逃到昭德大人守卫之处，可否请大人放他们一条生路，秀吉感恩戴德，涕零所表。”正好孟昭德也不愿意杀这些手无寸铁之人，便真的下令让开大道，给众人过去，数百民众从这里逃生，国宝“二十五菩萨来迎图”和“慈惠大师画像”等一批画轴书卷瓷器也得以保全，这不光是为了秀吉和他的母亲，也是为了孟昭德自己积些阴德吧。

百姓逃跑之后，随孟昭德麾下的一部分织田军不敢隐瞒，只好把这件事情报告给了信长，信长因为此时还在山上，也不好说什么，可心中已经怒不可遏，在剿清了山上的所有人之后，信长下山，移师全军抵达观音寺城，就在城上会议中，突然对孟昭德发难，直斥孟昭德违抗军令，其言辞激烈，德川家康如芒在背，大汗淋漓，本多正信也为孟昭德捏了一把汗。孟昭德却从容面对，不慌不忙的答道，“信长公，昭德以为，我放他们走有三个理由，这三个理由让我不得不这么做，我也希望信长公对各地的僧人不要赶尽杀绝，留他们一条生路，只要没收他们的财产，强迫他们还俗即可。”