明智光秀和羽柴秀吉这两位不相上下的统帅人生第一次也是唯一一次合作出兵，荒木村重和小寺政职就顶不住了，先是小寺政职决定放弃根基，突击出城去投奔荒木村重，结果被明智光秀识破了他的佯动，将计就计，在去有冈城的路上伏下兵马，截掉了小寺政职的粮队，这一手狠毒非常，截粮不需要付出很大的代价，可是却让小寺政职顿时变成了穷光蛋，荒木村重的有冈城虽然不小，可比起小寺政职的几千残兵他更需要的还是粮草，若带着吃的去投奔，荒木村重一定会拼死迎进城去，现在只有几千张嘴，却一颗粮食都没有，荒木村重是绝不会让他们进城抢吃的！痛骂明智光秀歹毒之后，小寺政职无奈的命令部下向近处的羽柴军投降，自己则面对大海拜了三拜，剖腹而死，他的弟弟小寺政繁在黑田官兵卫孝高的两位陪臣，号称“播磨双壁”的后藤基次和母里有信引荐下，追随了官兵卫，日后还有他的故事。

解决了小寺政职之后，荒木村重就难以成事了，为了防止更多的人无谓牺牲，羽柴秀吉命令黑田官兵卫孝高作为使者进入有冈城劝降，黑田孝高何等聪明，知道这是十有八九要有去无回的差事，不过他背叛了主家，帮助秀吉吞并了播磨国的土地，已经是一条不归路，必须死心塌地的干，跟着秀吉是他唯一的出路！在这种情况下，黑田孝高毅然决然的把八岁的幼子吉兵卫托付给宽厚的羽柴秀长照看，自己去见荒木村重，果然不出黑田孝高所料，荒木村重的决心已经无可挽回，黑田孝高刚说完来意，就被囚禁起来。而且就在起兵攻打有冈城之前，身居监禁使的官兵卫才得了重病，瘸了右腿，再加上牢狱之苦，黑田孝高在有冈城的日子真是如地狱一般，好在城中有一位武士伊丹加藤又左卫门重德，他的主公伊丹兵库头去世后他就做了荒木村重的旗本，平时知道播磨国大军师黑田孝高的名声，很是仰慕，所以时常照顾狱中的官兵卫。官兵卫日久感激，和他约定，“此情终当不忘！以后若得归国，请受令郎一人，以报此恩！”最后官兵卫被粟山四郎右卫门救出有冈，果然收了又左卫门的儿子作养子，就是吉兵卫的义弟黑田一成，不嫌弃对方地位的微末，不放弃自己的誓言，黑田官兵卫孝高的这一事件作为美谈被后人传颂。

黑田孝高被囚禁之后，荒木村重的日子就越来越不好过了，放弃了和羽柴秀吉的联系，那就是要死战到底，可城内兵粮日渐减少，兵源也枯竭殆尽，而最大的打击还是村重的左右手高山右近重友，中川濑兵卫清秀先后于1576年（天正四年）五月九日（一说十六日），二十四日开城投降。荒木村重谋反后，信长除了让羽柴秀吉进兵，同时还开始外交行动，高？城主高山右近本来就不很赞成村重谋反，京都南蛮寺神父阿尔甘诺因信长的威胁入城劝说，这位著名的切支丹只得降伏。茨木城主中川濑兵卫是荒木村重的表弟，少年时就一直跟随他的旧臣，而且还是荒木家中主张谋反一派的首领，可年轻人没吃过苦头，不懂造反的难处，现在家势日薄西山，竟然也离开了他。这两位重臣既然都不要脸了，原本以寄骑方式依附荒木村重的摄津小豪族也就见风使舵，纷纷降伏了信长！

到了六月九日，信长亲自起兵一万经能势街道布阵刀根山，传令诸将攻略摄津，此前一天，织田军先锋万见重元，掘秀政，菅屋长赖等人在有冈城外布置铁炮队，荒木村重发起了最后一次冲锋，“战国项羽”刀劈先锋，万见重元战死。六月十五日，荒木村重城外抢粮队被击败，全军覆灭，信长放心返回安土。临走之前，明智光秀向信长进言，只要村重投降，就免他一死，信长一是顾忌荒木村重骁勇，二是也舍不得这个良将，就同意下来，但是荒木村重根本不考虑这个建议，斩了来使的头颅（黑田孝高太幸运了），信长因而大怒！又围城五日后，有冈城中粮食将尽，二十日荒木村重经过化装，用重金（这时候看出来了，钱再多不能填饱肚子）买通蒲生忠三郎赋秀（氏乡），从他的阵地逃出，进入儿子村次所守的尼崎城。随从只有乾助三郎，森本六兵卫，本条庄右卫门，秋冈次郎太夫等侧近五六人，大势已去。

荒木村重一走，他抛弃妻子，将士，完全不顾名誉地逃离有冈之事就全城皆知了，城内军心顿时彻底崩溃。织田军大将泷川一益得知此事后甚至不敢相信所谓的骁勇战将能做出这种事情，不久有冈城西南面上腊冢砦（又称女郎冢砦）副将宫肋平四郎向一益表示效忠，引导织田军发动总攻击，接连攻下有冈城附近各砦，守将野村丹后守，渡边勘太夫等人力战不敌后自杀。泷川左近一益的使臣佐治新介复又与下腊冢砦守将中西新八郎交涉，中西所部足轻大将星野九郎和宫肋新之助谋反，引泷川大军入下腊冢。是时副城尽落，上下纷纷逃入城中，亲子兄弟不得相保，啼泣遍地，尸横遍野，惨如人间地狱！到了七月一日，明智光秀说服城内留守将领荒木久左卫门和池田和泉开城，有冈城陷落。又六日后，信长在尼崎城郊外七松地方屠杀有冈城中村重的妻子儿女仆从，以刺激城内的荒木村重。为了吓破城中守军的胆子，信长首先将一百二十名地位较高的女人绑在十字柱上刺死，然后才对完全无罪的人处以残酷的屠杀，其残暴前所未闻。最后一拨则更加恐怖，毫无人道，信长将五百一十四名民众分别关在四间平房，其中有一百八十人是妇女，织田军收集大量的木材，放火将他们活活烧死，那些男女冲撞平房的房门和窗户，可都已经被铁块封死，许多人不知道，冲上去肉就被粘住，活活烫死。没有冲上去的也发出悲惨恐惧的喊叫声，最后被烟熏死，被火烧死。

在这等惨剧面前，荒木村重终于放弃抵抗，逃出尼崎城，有冈城破时，荒木村重的堂兄花隈城主荒木志摩守元清前往尼崎协助守城，花隈城留守由大河原石见守具雅担任，具雅是伊势北？家北？晴具的长子，去年刚刚成为村重的家臣。此人孤军坚守到七月，始向池田恒兴提出要求，以自己切腹的条件保全城中将士的性命，然后自杀。花隈城一开，荒木村重就再无容身之处，荒木叛乱就此终结了。被织田氏通缉的荒木村重率领幸存的族人自海路逃到毛利领内，得到了毛利家的庇护，荒木村重就此离开了历史舞台。为了祭奠那些因为自己而死的族人和平民，荒木村重拒绝了武士的俸禄剃发出家，取号“粪”算作赎罪。