最早得知羽柴秀吉创造了战争史上的神话的就是明智光秀，面对着或早或晚前来平叛讨伐自己的各路诸侯，明智光秀也没有闲着，他先是用织田信长的首级换来了征夷大将军之位，并宣布定都阪本城，由其女婿明智秀满镇守。然后苦于当前形势不利，他开始马不停蹄地寻找盟友，从地利和人和上算，明智光秀首先想到的是儿女亲家细川藤孝和老朋友筒井顺庆，细川藤孝之子细川忠兴娶了光秀的三女，而筒井顺庆和光秀一直是莫逆之交，有他们二人一个在西一个在东，则可保京畿不失，不料两位老友一听说光秀谋逆杀了信长，都大发雷霆怒火，对光秀切齿痛恨，细川藤孝把自己的头发剃了出家，以悼念信长之横死，并宣布终生不再相见明智光秀，冲动的细川忠兴还把光秀的女儿打入冷宫囚禁了起来，差点杀掉，筒井顺庆更绝，不但斩了使者，还将织田氏的族人接到本城居住，据守不出。得不到此两家支持，明智光秀大感骇然，他立刻陷入了孤立无援四面皆敌的困境，一代名将隐约察觉到，自己的末日到了。

在此困境中，明智光秀决定放手一搏，他除了向东西各国发出将军敕令外，决定用所有兵力总共安土城，打算拿下此地而后坚守，等待时变。可自信满满的将军大人在安土城下遇到的并非凡人，而是被羽柴秀吉都惧怕了一生，后来被称为“会津少将”的蒲生氏乡，这位天才军神（和真田幸村齐名）挥师西进，待明智光秀立足未稳就突袭前阵，他知道明智光秀善用火炮，是个远射高手，于是蒲生氏乡下令，一边前进一边点燃周围的明智军器械，熊熊烈火一起，蒲生军立刻隐入浓烟之中，明智火枪队无从下手，只能胡乱射击，最后命中者寥寥无几。而蒲生军多持短刀，善于近战，几个冲锋下来，明智军折损了无数人马，为了抵御正在攻打阪本城的羽柴秀吉，明智光秀只好无奈媾和，将捆绑的一批织田氏族人释放，交给蒲生氏乡，匆忙退去。蒲生氏乡虽然有才华，可毕竟只有城防军三千人，面对着退去的一万五千明智军，他也只能见好就收，回城而去，路上仰天长叹道，“我于战局中，奈何兵马疲弱，是上苍不让我成就天下功名，若我有一万人马，外样大名何惧也！”

进攻安土城失败的明智光秀并非无能之辈，虽然偶有挫折，可此时的他在京畿附近已经占有阪本城，濑田城，丹羽长秀的居城佐和山城，羽柴秀吉的原居城长浜城，并弹压了近江一国，为了不招惹到北陆的柴田军，伊势的九鬼水军，明智光秀收缩了各地的兵力，共主力1万8200人抵达洞？，待机决战羽柴秀吉。

羽柴秀吉闻讯后，在富田召开了军事会议，会上秀吉决定将战场设在摄津藩国和山城藩国交界的山崎，在此地击溃明智军，并乘势横扫京都，拿下敌人的精神支柱。羽柴秀吉将部下分为三路进发，右翼是池田恒兴，加藤光泰，中村一氏的一万五千人，他们沿淀川进军，中路是高山重友，堀秀政的一万人马，他们沿西国街道前进，左翼则是黑田孝高以及羽柴秀长还有中川清秀的一万五千人马，他们从天王山麓迂回，攻击明智军侧后，丹羽长秀，织田信孝是羽柴秀吉主要防范的竞争对手，他们与秀吉一起引兵三万在后压阵，表面上说是以为各路接应，其实是为了让他们远离战场，不能建立一点功勋。

1578年（天正六年）5月13日，决定羽柴秀吉与明智光秀两强命运的山崎之战打响，虽然明智军出京都迎击，以逸待劳，但羽柴军的名军师黑田孝高还是早一步赶到了山崎战场，顺利占领了战略要冲天王山。当日清晨明智军强渡桂川进驻胜龙寺城，下午4时，两军在天王山脚下和淀川间的狭路相逢。人数占优势的秀吉命令全军总攻，三路大军立时向明智军包抄过来，羽柴军左翼中川清秀首先与明智军并河扫部展开厮杀，两部你攻我守难解难分，随即右翼和中路各部都投入战斗，虽然明智军勇猛善战，但在人数方面处于劣势，平地作战显然吃亏，被几个正面冲锋就压制的抬不起头来。明智光秀一边指挥战斗，一边观察地形，他发现，唯一的胜机就是占领天王山重新布防，居高临下对抗羽柴军。

主意打定之后，明智光秀在有限的兵力中抽调出五千人强攻天王山，不幸的是羽柴秀吉也觉察到了明智军的意图，所以命黑田孝高和弟弟羽柴秀长放弃原定的下山计划，率重兵防守要道，托住明智军主力，这样明智军攻了几次天王山依旧巍然不动。战斗持续了两个小时，至下午6时，明智军人数不足的劣势愈加明显，整条战线已到崩溃边缘，且主力兵团被困在天王山下不能回援，有被分割包围的危险。明智光秀见势不妙，只好调转马头挥师撤向胜龙寺城，主将这样败走，一下导致明智军战意崩溃，一哄而散，全部跟随明智光秀溃逃而去，羽柴军见状急起直追，咬着明智军不放，按照羽柴秀吉的设想，不给明智光秀喘息的机会，大军包围了胜龙寺城。

胜龙寺城无险可守，很快就被羽柴军攻陷，明智光秀与近侍30余骑血战杀出重围，逃向阪本城欲东山再起。阪本城的明智秀满部队也接到了战败的消息，于是急急出城援助，不料狼狈不堪的光秀一行走到半路遭到当地土民攻击，因为明智光秀等衣着太过鲜艳，使得土民们见财起意，他们玩命攻打冲击光秀的部队，虽然最后被近侍杀退，但光秀腹部也中了一竹枪，竹刺深入，流血不止。吃痛不已的明智光秀赶紧包扎伤口，可是依旧无效，五脏六腑都痛得难受，他知道自己气数已尽，眼看后面漫山遍野的羽柴军将至，他就要落得被羽柴军生擒的下场，不甘心受辱的明智光秀只好长叹一口气，切腹自尽，时年五十五岁。

13日深夜，羽柴军得到了明智光秀的首级，又得知他的女婿仓促继承了征夷大将军之位，退守阪本城，羽柴秀吉于是命令堀秀政率2000人马攻打明智光秀的居城坂本城，因为明智光秀自杀的消息，阪本城此时乱作一团，属下奔逃不止，到最后只剩下明智秀满的亲兵1000人，这支部队被堀秀政重重包围，明智秀满自知不免，不是羽柴军六万人的对手，于是将城内的金银财宝全部打包送出城外，并把明智光秀和自己的妻子儿女统统刺死，然后一把火烧了天守阁，自己也死在阁内，至此明智光秀一族灭亡！

平定了京都之乱后，羽柴秀吉麾下大将蜂须贺正胜也率军拿下了丹波国，明智势力彻底覆灭，羽柴秀吉刚要松一口气，可是立刻就听说了柴田胜家终于和上杉氏在越中分了胜负，丢下三千具尸体，让出了越中，现在已经前来安土城的消息，而蒲生氏乡则保护着织田氏族人从安土城出发，打算回归尾张，羽柴秀吉在行军中接到了孟昭德的手书，对于此时已经坐拥一百二十万石的大大名支持自己，羽柴秀吉颇为安心，且信由于是阿倍秀明所写，还多叮嘱了一句“平乱易，唯抚后难，若齐集京都不免乱力渗入，唯于大人势力之外和议，方能先行将京都等地名义上纳入大人座下”，羽柴秀吉读罢颇以为然，对孟昭德感激之余，也惊恐蒲生氏乡竟然先他和孟昭德想到此时，平叛一结束就理所当然的退出京畿，奔赴尾张。怀着对蒲生氏乡这个后辈的惊恐之意，羽柴秀吉通告天下，所有织田氏从属大将和国主必须于15日内抵达清州城，商议主上后事，逾期不至者与明智光秀同罪！

5月27日，山崎硝烟刚刚散去，织田家数位重臣便陆续抵达，齐集清洲城，开始了对织田氏的瓜分，和对天下大势的重新布局。